Maloval obrazy a účastnil se matematických soutěží. Právě to vedlo otce architekta Martina Rajniše k myšlence, že by z jeho syna mohl být dobrý architekt. „Táta mi říkal, ať nejsem tvrdohlavý a dám na jeho radu. Tvrdohlavý jsem byl sice furt, ale zpětně jsem velmi vděčný, že jsem na jeho radu dal,“ vzpomíná Martin Rajniš, spoluzakladatel České komory architektů a vlastní architektonické kanceláře Huť architektury Martin Rajniš. Studio založil v roce 2012 společně s architektem Davidem Kubíkem a je charakteristické hledáním cest napříč urbanismem, stavbami a designem.
V architektuře tíhne k přírodním materiálům, proto při realizaci zakázek využívá především dřevo či kámen. „Uvědomil jsem si, že třeba takové dřevo může být zároveň prostředníkem k lidským citům,“ říká Rajniš a dodává, že architektura není jen o technických věcech a strukturách, ale i nástrojem přátelství, soucitu a vlévání energie do nejbližších. To si uvědomil, když mu před lety umíral na vážné onemocnění blízký přítel.
Ne vždycky se ale věnoval přírodním materiálům. Po studiu na Fakultě architektury ČVUT nastoupil v roce 1981 do architektonického studia Shape, kde setrval do roku 1985 a spolupracoval na Pavilonu dopravy na Světové výstavě ve Vancouveru. V toce 1986 založil DA Studio, které stojí za většími i menšími projekty, nejvýznamněji se však studio zapsalo novou částí Smíchova od křižovatky Anděl až k zastávce Na Knížecí. O deset let později přenechal studio společníkům. „Atelier nesmí mít víc než sedm lidí, protože se pak ztrácí přátelská atmosféra. Jakmile mělo studio třicet členů, uvědomil jsem si, že se spíš starám o smlouvy a architektura jde najednou stranou,“ odůvodňuje své tehdejší rozhodnutí Rajniš.
K architektuře se po pauze vrátil po roce 2001, do té doby cestoval. Po návratu nejprve založil kancelář H.R.A, od roku 2012 vede ateliér Huť architektury Martin Rajniš. V roce 2014 byl zvolen předsedou Gremiální rady Institutu plánování a rozvoje hlavního města Prahy. Mimo jiné pořádá odborné přednášky a semináře.